Nella Sulaco, la nave che trasporta Ripley, Newt, Hicks e Bishop, unici superstiti dalla spedizione su LV-426, si è annidato un alieno, che aggredisce le capsule dell'ipersonno e causa l'espulsione del modulo automatico di salvataggio (l' EEV). Il modulo di salvataggio però viene attratto da un pianeta vicino, precipita e ammara violentemente; Ripley è l'unica a sopravvivere all'ammaraggio (Hicks viene ucciso da una trave di sostegno che gli sfonda il petto, Newt annega nel liquido criogenico e Bishop viene danneggiato irreparabilmente). Il pianeta è Fiorina 161, soprannominato anche "Fury", un pianeta che è stato trasformato in una prigione per ergastolani con il cromosoma doppio Y (quello che contraddistingue gli assassini, stupratori, serial-killer e simili, ossia gli "incorreggibili"), e sul quale vivono ormai solo pochi carcerati (che mandano avanti una fonderia di rottami metallici) con un Sovrintendente, un aiutante ed un dottore. I guai ricominciano presto per Ripley; oltre alla tensione da lei destata nella colonia di solo uomini, l'alieno sopravvissuto e sceso sul pianeta nell'EEV con Ripley comincia a seminare morte fra i prigionieri. L'alieno, pur avendone l'opportunità, non aggredisce Ripley, e questo le desta dei sospetti. Da un controllo medico, risulta che Ripley è stata inseminata dall'alieno durante l'ipersonno, e per di più l'embrione che porta dentro di sé è quello di una Regina, l'unico in grado, da solo, di far rinascere l'intera specie aliena. La lotta con l'alieno è disperata, anche perché sul pianeta non ci sono né armi, né utensili o computers. Dopo furiosi combattimenti e l'uccisione dell'alieno, Arrivano sul pianeta i rappresentanti della Compagnia, che cercano di convincere Ripley a consegnargli l'embione alieno. Ripley però rifiuta, e si suicida gettandosi in un enorme stampo colmo di piombo fuso
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