Ellen Ripley, unica superstite della nave mercantile "Nostromo" (distrutta da lei stessa nel primo film per uccidere l'alieno che aveva sterminato il resto dell'equipaggio), viene recuperata da una squadra di salvataggio e risvegliata dall'ipersonno . In realtà il periodo di ipersonno è durato ben più del previsto; la Narcissus, la navetta di salvataggio sulla quale viaggiava Ripley, era finita fuori dalle rotte trafficate, e sono passati 57 anni dagli avvenimenti del primo film. Ripley viene processata per la distruzione della Nostromo e del suo carico (e sospettata per la morte del resto dell'equipaggio). Ripley racconta dell'alieno che li aveva aggrediti sull'asteroide LV-426 e che, mutando forma, aveva infine ucciso tutti tranne lei, costringendola a distruggere la Nostromo. La commissione però non crede a Ripley, anche perché LV-426 è abitato ormai da molti anni da una colonia di umani che stanno "terraformando" il planetoide.
Ripley viene condannata e degradata, ma improvvisamente i contatti con LV-426 si interrompono, e la Compagnia chiede a Ripley di partecipare ("solo come consulente") ad una spedizione militare di soccorso. Al loro arrivo i marines trovano la colonia infestata dai terribili alieni descritti da Ripley, che tra l'altro riescono a bloccare i marines sul pianeta. Inizia così una furiosa serie di scontri che, ancora una volta, vedono alla fine Ripley come vittoriosa protagonista. Ripley ed i Marines tra l'altro devono vedersela anche con il "tradimento" del rappresentante della Compagnia, Burke, che cerca di far infestare Ripley e Newt per portare due esemplari di alieni sulla Terra per conto della Compagnia.
Inoltre su LV-426 non ci sono solo alieni "normali" come quello del primo film: a capo della colonia aliena c'è anche una terribile Regina, con cui la spedizione dovrà fare i conti... Il film termina con i superstiti della spedizione (Ripley, il Caporale Hicks, Newt - la bambina, unica superstite di tutta la colonia umana su LV-426 - e l'androide Bishop) che entrano in ipersonno a bordo della "Sulaco", la nave da guerra della spedizione, che sta facendo ritorno sulla Terra.
NOTA: Nella versione cinematografica c'è una sequenza piuttosto lunga che è stata tagliata nell'home video, nella quale ai coloni su LV-426 viene ordinato di ispezionare il relitto alieno, senza però dire niente riguardo alla potenziale presenza degli alieni ostili. Quattro persone, due adulti e due bambini (i due bambini sono Newt ed il fratellino Timmy, ed i due adulti sono i loro genitori), si recano sul posto e trovano la nave aliena (durante il tragitto Newt si vanta con Timmy di essere la più brava a giocare nei condotti di aerazione della colonia) . Durante l'ispezione, il padre viene attaccato da un alieno ed inseminato, come era successo a Kane nel primo film. Il padre di Newt viene incautamente riportato nella colonia, e così ha inizio l'infestazione.
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